Powstanie szkoły w Kaczkowie, jak utrzymują najstarsi mieszkańcy sołectwa, datuje się na lata dwudzieste XX wieku. Przed wojną kierownikami szkoły byli: Feliks Tarko (1921-36) i Stanisław Nowacki (1937-39). W czasie okupacji Niemcy zamknęli szkołę. Pierwsza istniejąca kronika szkoły rozpoczyna się od 1945 roku.

 W marcu tegoż roku rozpoczęło w szkole naukę 53 uczniów z Kaczkowa i Rojęczyna. We wrześniu 1960 roku placówka przekształcona zostaje w pełną siedmioklasową szkołę podstawową z trzema etatami nauczycielskimi, a uczęszcza do niej 106 uczniów. W roku szkolnym 1965/66 powstaje szkoła ośmioklasowa, a zajęcia odbywają się w dwóch budynkach – w Kaczkowie i Rojęczynie. W Rojęczynie na pomieszczenia do nauki wykorzystano zabytkowy dworek przed wojną należący do Zygmunta Celichowskiego wojewody poznańskiego.

W 1996 roku po zakończeniu remontu i adaptacji dawnego budynku spichlerza w Rojęczynie klasy I-III zostały przeniesione do Rojęczyna. Od tego czasu szkoła mieści się w dwu sąsiadujących ze sobą budynkach. W 2000 roku powstał przy szkole oddział przedszkolny dla dzieci 5 i 6 letnich.

W 2017 szkoła stała się na powrót ośmioklasową.

Szkoła Podstawowa w Kaczkowie liczy osiem oddziałów szkolnych i dwa oddziały przedszkolne. Każdy oddział posiada swoją izbę lekcyjną. W szkole jest pracownia komputerowa, biblioteka, świetlica oraz zaplecze kuchenne. W pobliżu szkoły znajduje się kompleks boiks „Orlik” wraz z placem zabaw dla najmłodszych. Szkoła korzysta też z Sali wiejskiej w Rojęczynie. Uczniowie klas I-III i oddziałów przedszkolnych uczą się w odrębnym budynku.

 Placówka prowadzi dla uczniów zajęcia wyrównawcze oraz koła przedmiotowe i zainteresowań. Bardzo bogaty jest harmonogram szkolnych imprez, konkursów i uroczystości. Organizowanych jest wiele wycieczek, podczas których dzieci poznają nie tylko swoją „Małą Ojczyznę”, ale też Polskę i uczestniczą w wydarzeniach kulturalnych. Od 2016 r. placówka jest organizatorem Biegu pamięci Żołnierzy Wyklętych „Tropem Wilczym”, który co roku gromadzi na starcie ponad 200 biegaczy i pasjonatów historii.

 Obecnie w obwodzie szkoły znajduje się sześć wsi (Augustowo, Jabłonna, Kaczkowo, Junoszyn, Lasotki i Rojęczyn). Z trzech miejscowości uczniowie są dowożeni do szkoły autobusem szkolnym, dla nich są organizowane zajęcia świetlicowe po lekcjach.

W szkole pracuje 27 nauczycieli, w tym 17 pełnozatrudnionych. Dzieci objęte są opieką pedagoga i logopedy. Nauczyciele stale podnoszą swoje kwalifikacje zawodowe, a niemal wszyscy posiadają kwalifikacje do nauczania dwóch przedmiotów. Pedagodzy chętnie angażują się w pracę z uczniami prowadząc dodatkowe zajęcia z nauczanych przedmiotów.

Rozwijamy współpracę z zaprzyjaźnionymi szkołami z Turska i Niechlowa, które tak jak my noszą imię Armii Krajowej.

Od kilku lat uczniowie szkoły odnoszą sukcesy w biegach przełajowych, sztafetowych biegach przełajowych i w czwórboju lekkoatletycznym.

10 stycznia 2007 roku uczniowie szkoły (96,2%), rodzice (96,8%) i nauczyciele (jednogłośnie) wypowiedzieli się za nadaniem Szkole Podstawowej w Kaczkowie imienia Armii Krajowej. 22 lutego 2007 roku na IV Sesji Rady Miasta i Gminy Rydzyna radni na wniosek uczniów, rodziców i  nauczycieli Szkoły Podstawowej w Kaczkowie uchwalili nadanie szkole imienia Armii Krajowej. Wybór patrona przez społeczność szkoły nie jest przypadkowy - w czasie II wojny światowej na terenie obwodu szkolnego działał Samodzielny Pluton Armii Krajowej „Kaczkowo”.      

  Oficjalne uroczystości związane z nadaniem szkole imienia połączone z wręczeniem sztandaru odbyły się 10 listopada 2007 roku.